Сперва необходимо установить или убедиться в том что git установлен. После в консоли перейти в нужную папку,
cd /var/www/site_webtm__usr/data/www/site.webtm.ru
Тут выполнить клониирование из репозитория. Обратите внимание на точку в конце команды. Это важно, и говорит о том, что клонирование будет осуществляться в текущую дирректорию, иначе дирректория будет создана.
git clone https://путь_к_git_репозиторию.git .